根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》的规定，无证房屋并不必然等于违法建筑，需要区分两种情况：其一，可以认定为合法建筑和未超过批准期限的临时建筑比照有证房屋处理，分不同情况予以补偿；其二，按照违法建设和超过批准期限的临时建筑处理，不予补偿。

按照合法建筑，未超过批准期限的临时建筑予以补偿的情形。

未超过批准期限的临时建筑是很容易确定的，可以根据建筑规划部门的有关批文所记载期间这一硬性标准展开判断，与之相比较，将部分无证房屋从无证的瑕疵里踢出来并确定为合法建筑要困难很多，需结合行政法中的“比例原则”即《行政处罚法》中的“过罚相当”原则，综合考虑建造的时间，当时的立法状况，当时执法机关是否存在不作为，建筑是否严重妨害城市规划等因素加以确定。

按照违法建筑，超过批准期限的临时建筑不予补偿的情形。违法建筑，超过批准期限的临时建筑与前述第一部分论及的可作为合法建筑、未超过批准期限的临时建筑是非此即彼的补充关系，因此一般而言，依照前述标准，方法论被排除在未取得产权证的“合法建筑”的范畴外的无证房屋应当作为违章建筑予以拆除，不予补偿。

处理无证房屋的征收补偿问题时，应当本着征收行为天然的公益目的心理，采用灵活变通的方法处理，在推动征收工作的同事合理照顾到被征收人的合理、切身利益，既能减轻征收带给被征收人的损益成都，也能在一定程度上对社会稳定起到积极的作用，实现国家的稳定发展，长治久安。