由于各种复杂的原因，多年来，各地普遍存在一些存量违法用地，也称历史遗留问题，而且量大面广。没有合法用地手续，还能长期占有使用，也有的私下转让，看似占了便宜，但不能办理土地抵押，不能正常进入土地二级市场，尤其是允许集体经营性集体用地入市后，没有合法用地手续的，会被排斥在公开市场之外。
对违法用地的处理，主要有三种方式，一是拆，二是补，三是挂。之所以存在大量历史形成的违法用地，主要是各地出于各种原因，一直没拆除（或没收），也没补办用地手续，有的可能罚了点款，就那么占着用着，但一直在账上挂着。
对如何处理存量违法用地，国家给出的主要政策和办法：一是通过补办用地手续和确权登记合法化；二是对在农村乱占耕地建房专项整治中摸底排查、登记上账的存量违法用地问题，提出试点先行，分类分步，稳妥处置，没要求各地对存量问题开展大规模、大范围集中整治，当前主要工作重点是管住新增，遏制增量。
在如何补办用地手续和办理确权登记方面，针对不同时期，国家已出台了一些政策规定，各地也有一些具体政策。
重要提醒：对乱占耕地建房、违反生态保护红线管控要求建房、城镇居民非法购买宅基地、小产权房等，不得办理登记，不得通过登记将违法用地合法化。2022年9月23日，自然资源部印发新修订的《自然资源违法行为立案查处工作规程（试行）》（点击查看）。新《规程》4.3.3 部分提出：承办人员应当在证据认定和事实认定的基础上，严格依照法律法规的规定，综合考虑历史遗留建筑物处置等有关文件要求，提出处理建议。这里需要关注的是：“综合考虑历史遗留建筑物处置等有关文件要求”。本着依法依规、实事求是原则，在近年来开展的“大棚房”、违建“别墅”、农村乱占耕地建房、自建房等专项整治以及农村集体建设用地和宅基地确权登记中，为避免造成社会财富浪费，防止简单粗暴、一拆了之，国家出台了一些政策性文件。在执法办案中，对涉及历史遗留建筑物的处置，要综合考虑，既要依据法律规定，也要参照相关政策文件，妥善处理。
这也就是说，过去盖的房子，虽然用地不合法，但应区分不同情形，分类处置，有的可以补办用地手续，有的可以暂时保留几年，当然，有的必须拆除或没收。所以，一定要学习研究相关政策文件。对2013年以来至2020年7月3日之前形成的存量农村乱占耕地建房问题，目前国家正在开展整治试点，试点结束后，会出台新的处置政策。就目前而言，不能再继续顶风违法占地建房，对新增问题，实行“零容忍”，谁胆大，马上拆！
赵丽律师