在日常生活中，许多人当事人甚至律师都会将行政诉讼中的起诉期限与民事诉讼中的诉讼时效相混淆，甚至将行政诉讼中的起诉期限与民事诉讼中的诉讼时效画上等号，二者理论虽然有相似之处，但确是两种独立的法律制度，有着不同的区别。
诉讼时效，是民事实体法的法律制度，而不是诉讼法概念。是权利人不行使权力的法律事实持续满一定期限后该权利人丧失胜诉权的法律效果。我国《民法总则》以及《民法通则》等法律中都有关于诉讼时效相应的规定。
起诉期限，是诉之合法的要件，关系到起诉是否能被法院受理的法定条件，规定在《行政诉讼法》中。具体是指公民、法人或者其他组织不服行政机关作出的行政行为，向人民法院提起行政诉讼，其起诉可以由人民法院立案受理的法定期限。
一、立法目的不同。诉讼时效是为了督促权利人及时行使权力，在法定期间原权利人不行使权利则会丧失权利，便于维护社会交易秩序的稳定，进而保护社会的公共利益，维护社会的交易秩序。起诉期限则是在于督促相对人尽快行使权利，提高行政机关执法效率，维护行政管理秩序的稳定。如果允许相对人任何时候都可以对行政行为申请救济，势必使行政行为一直处于被质疑和否定的状态，既影响了行政效率，又将给行政管理秩序带来混乱。
二、起算时间不同。诉讼时效是权利人自知道或者应当知道权利受到损害之日起计算，以当事人主观感知权利被侵害为标准。起诉期限是从相对人知道或应当知道具体行政行为之日起计算，其采取的是客观行为的标准。
三、期间有无变化不同。诉讼时效属于可变期间，只要有法定事由，便应依法中止、中断和延长，相对比较宽松。起诉期限是一个固定期间，一般不存在中止、中断的情形。现行只有两种例外情形：一是因不可抗力或者其他不属于自身原因耽误起诉期限的，可以直接予以扣除；二是确有其他特殊情况耽误起诉期限的，应由法院查明后可以延长。
四、超过诉讼时效与超过起诉期限的结果不同。超过诉讼时效的案件当事人并不丧失起诉权，人民法院仍应受理案件，在诉讼时效抗辩权的行使上应遵循当事人意思自治原则。当事人未提出诉讼时效抗辩，人民法院不应对诉讼时效问题进行释明及主动适用诉讼时效的规定进行裁判。如另一方当事人提出诉讼时效抗辩，经审理查明无诉讼时效中止、中断、延长情形，原告超过诉讼时效起诉的，应判决驳回诉讼请求。起诉期限属于起诉的条件，人民法院应当依职权审查起诉期限。对于超过起诉期限起诉的行政案件，人民法院应裁定不予受理。受理后发现超过起诉期限的，应裁定驳回起诉，此时行政相对人丧失了起诉权。