新《食品安全法》第91条作为第六章“食品进出口”一章的总则性条款，明确规定“国家出入境检验检疫部门对进出口食品安全实施监督管理”。同时，第152条第四款还规定：“国境口岸食品的监督管理由出入境检验检疫机构依照本法以及有关法律、行政法规的规定实施”。首次以法律的形式明确赋予检验检疫部门对进出口食品和国境口岸食品的监督管理职责。

为监管模式改革预留了空间。新《食品安全法》第92条第二款规定：“进口的食品、食品添加剂应当经出入境检验检疫机构依照进出口商品检验相关法律、行政法规的规定检验合格。”与原《食品安全法》第62条第二款“进口的食品应当经出入境检验检疫机构检验合格后，海关凭出入境检验检疫机构签发的通关证明放行”的规定相比，为今后采取《商检法》规定的“抽样、检验和检查;评估、验证和合格保证;注册、认可和批准以及各项的组合”对进口食品进行合格评定程序明确了法律基础，甚至为借鉴美国、日本等国家成熟的扣留检查、抽样检查等模式预留了改革空间。

食品安全共治理念更加明确。新《食品安全法》第95条规定：“境外发生的食品安全事件可能对我国境内造成影响，或者在进口食品、食品添加剂、食品相关产品中发现严重食品安全问题的，国家出入境检验检疫部门应当及时采取风险预警或者控制措施，并向国务院食品药品监督管理、卫生行政、农业行政部门通报。接到通报的部门应当及时采取相应措施。县级以上人民政府食品药品监督管理部门对国内市场上销售的进口食品、食品添加剂实施监督管理。发现存在严重食品安全问题的，国务院食品药品监督管理部门应当及时向国家出入境检验检疫部门通报。国家出入境检验检疫部门应当及时采取相应措施”，明确了国内监管部门对进出口食品安全监管的分工和合作。此外，新《食品安全法》第9条、第10条、第12条还对食品行业协会、消费者协会、新闻媒体和社会公众在食品安全监管中的作用和地位进行了规定，社会共治理念更加突出。

进口食品监管力度更加强化。进口食品监管无疑是新《食品安全法》的重点，除规定“进口的食品、食品添加剂、食品相关产品应当符合我国食品安全国家标准”“进口的食品、食品添加剂应当经出入境检验检疫机构检验合格”外，仍然延续了原《食品安全法》规定的检验检疫机构对境外出口商或者代理商、进口食品的进口商备案制度和境外食品生产企业注册制度。还规定了检验检疫机构对进口食品的安全信息收集、风险预警及控制措施、企业信用管理等措施。还新增101条“国家出入境检验检疫部门可以对向我国境内出口食品的国家(地区)的食品安全管理体系和食品安全状况进行评估和审查，并根据评估和审查结果，确定相应检验检疫要求”，为从源头抓好进口食品安全奠定了法律基础。

企业主体责任更加明确。新《食品安全法》第92条第三款规定：“进口的食品、食品添加剂应当按照国家出入境检验检疫部门的要求随附合格证明材料”。第94条规定：“境外出口商、境外生产企业应当保证向我国出口的食品、食品添加剂、食品相关产品符合本法以及我国其他有关法律、行政法规的规定和食品安全国家标准的要求，并对标签、说明书的内容负责。进口商应当建立境外出口商、境外生产企业审核制度，重点审核前款规定的内容;审核不合格的，不得进口。发现进口食品不符合我国食品安全国家标准或者有证据证明可能危害人体健康的，进口商应当立即停止进口，并依照本法第63条的规定召回。”第99条规定：“出口食品生产企业应当保证其出口食品符合进口国(地区)的标准或者合同要求。”

对进出口食品违法行为处罚更加严厉。新《食品安全法》第129条列举了进出口食品中的违法行为，并规定对违法行为除了没收违法所得，对货值金额不足1万元的，处5万元以上10万元以下罚款(原《食品安全法》只规定并处2000元以上5万元以下罚款);对货值金额1万元以上的，要并处货值金额10倍以上20倍以下罚款(原《食品安全法》只规定并处货值金额5倍以上10倍以下罚款);对不按规定作好销售、审核记录的违法行为要处以警告、并处5000元以上5万元以下罚款(原《食品安全法》只规定并处2000元以上2万元以下罚款)。此外，还增加了对“进口商在有关主管部门责令其依照本法规定召回进口的食品后，仍拒不召回”“违反本法规定，进口商未建立境外出口商或者生产企业审核制度的”的违法行为的罚则规定。

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