困境之一司法介入点难以确定
公司法属于典型的私法，应遵循私法自治的基本原则，人民法院对公司内部法律关系的介入不得形成对公司正常经营活动的干预。对于属于公司自治和股东自治范畴的事务，人民法院不能越俎代疱。
但是，对于公司自治的范围和司法介入的程度，理论上少有探讨，审判实践中对于哪些纠纷可以通过司法途径解决不好界定。如，公司不按照章程规定召集股东会，股东能否请求人民法院判令公司限期召集?公司股东会长期不作出分配利润决议，股东能否请求人民院强制分配利润?职工与职工持股会之间的纠纷能否作为平等主体之间的民商事纠纷处理等等。
困境之二案件受理难以操作
草广东省高级人民法院民二庭李洪堂法官认为，最高法院《民事案件案由(试行)》中确定的18种公司诉讼纠纷案由过于粗糙，并未涵盖当前的全部公司诉讼纠纷类型。尤其是新公司法创设的股东代表诉讼、股份回购诉讼、司法解散公司诉讼等新类型诉讼，目前尚无司法解释对其案由作出统一规定。由此导致实践对许多公司诉讼纠纷不易确定案由。许多法院往往将没有案由对应的案件统称为股东权益纠纷、一般股东纠纷或其他股东纠纷等，甚至有的法院将部分公司诉讼纠纷归类于买卖、侵权等案由，这不仅不利于立案统计和审判流程管理，也对如何正确把握案件性质产生了不利影响。
困境之三诉讼程序难以适用
新公司法较修订前而言，加大了可诉性。但是，实体上赋予的权利缺乏程序回应，虽然诉权问题解决了，但在实现诉权、保障实体权利的诉讼过程中遭遇了障碍和困难。
新公司法中有的规定在民事诉讼法上无相应程序。
另处，对于司法解散公司应按普通诉讼程序还是特别程序审理、知情权诉讼应以判决抑或裁定形式作出等均没有规定。
困境之四法律关系难以理顺
公司诉讼纠纷案件往往包含多个法律关系，既有公司内部的股东与股东之间、股东与公司、董事和高管人员之间的关系，又有公司外部债权人与公司、股东、中介机构之间的关系;既涉及当事人承担责任的实体问题，又涉及认定公司表决是否合法的程序问题，法律关系较为复杂。而且，实践中当事人一方人数往往在二人以上，并提出多个诉讼请求，既有确认之诉，又有给付和变更之诉;既有本诉，又有反诉。
困境之五法律条文难以援引
宥于历史条件，1994年的公司法主要是作为一部公司组织法而存在，其行政管理和组织引导色彩浓厚，司法裁判明显不足。新公司法虽然大大增强了法律规范的可诉性设计，但受我国长期以来“宜粗不宜细”的立法方针的影响，相关规定仍然过于原则和简单，对于众多现实情形无法涵盖。
更为关键的是，在我国当前的立法环境下，最高法院的司法解释往往是审理案件中操作性极强的规范，目前大多数民商事纠纷也都是依赖司法解释而得以顺利处理，但关于公司诉讼纠纷的司法解释却至今缺位。
以上种种原因造成人民法院在审理案件时无法可依现象、裁判依据明显不足。山东省高级人民法院民二庭副庭长李芹透露，许多法院只能根据上级法院对一些问题的指导性意见作为定案的依据。
困境之六 裁判文书难以表述
与传统民商事纠纷主要为财产性质的给付之诉相比，公司诉讼纠纷案件的诉请内容相对多元化，有不少涉及行为。包括诉请作为的如提供会计资料供查阅，诉请不作为的如停止侵犯知情权等。
在撰写这类案件判决主文时，判决内容无先例可循，不仅要合理确定当事人义务，还要考虑判决的可执行性，如何作出科学、恰当且无歧义的表述非常困难。
除此之外，由于公司诉讼纠纷案件法律关系复杂，纠纷主体人数多，案件审理中经常涉及三方甚至四方和利益冲突和对立，往往涉及公司存亡、股东资金的进退、职工的就业等重大问题，使得该类案件往往难以调解，一般要判决结案。
困境之七与行政权力难以衔接
公司诉讼纠纷案件多有涉及工商行政管理内容，由于工作的出发点和适用的法律不同，加之目前工商行政管理部门的行政法规和操作规定与公司法存在一定矛盾，往往导致法院判决结果与行政管理制度存在某些冲突，人民法院的生效裁判无法得到工商行政管理部门的认可和协助。
目前实践中更为突出的矛盾是，根据《公司登记管理条例》的规定，有关利害关系人持人民法院的生效裁判文书要求变更工商登记的，工商行政部门往往以没有法律依据为由不予办理。
困境之八裁判结果难以执行
在一般的民商事案件中，如给付之诉中，只要被执行人有履行能力，则执行一般不成问题。而在公司诉讼纠纷中，如人民法院对股东会、董事会决议确认无效或予以撤销的，如果该决议已经实际履行，若使其恢复原状很困难，同时还会涉及到第三人的利益。另外，有些案件履行标的为行为，如知情权诉讼，若义务人拒绝履行时，如何强制执行不好操作。
困境之九审判经验少，难以适应审判要求
审判经验的积累对于正确审理案件至关重要，最高法院的许多司法解释也往往依赖于审判实践的摸索而生成。
但是，公司诉讼纠纷案件目前绝对数量较少，某一类型案件在部分地区可能多年仅仅发生一起，而又种类繁多，人民法院及审判人员的经验积累明显不足。再加上对公司诉讼纠纷的审判调研不够重视，很多民商事审判人员长期无法很好地适应该类案件的审理要求。
