增值税和土地增值税的名称都含有“增值税”三个字，但二者完全是两类不同性质的税种。增值税是流转税，而且又是价外税，它是不进损益的；而土地增值税，它是一种特定税，以转让房地产（包括国有土地使用权、地上建筑物及其附着物）的增值额为计税依据，实际上就是反房地产暴利税，其有点类似于所得税。而对于房地产企业而言，除了增值税以外，土地增值税和企业所得税都需要缴纳，而且占据非常重要的地位和份额，税务部门对于房地产企业的土地增值税清算核查一直以来都是关注重点。由于增值税与土地增值税在立法目的、税收原理与计税依据上均不尽相同，因此二者并不存在重复征税的问题。倒是土地增值税与企业所得税，二者由于在成本扣除与收入确定方面有很多相同之处，都是就利润部分缴税，所以很多人认为有重复缴税之嫌，不过二者在具体的成本扣除范围、扣除方法又存在不同，会计科目也不一样，不完全是叠合的。