债券受托管理人亦可以向发行人提起诉讼或仲裁。在债券受托管理人代投资者向发行人主张权利时，债券募集说明书中载明的投资者与发行人之间的争议解决方式，很有可能就与债券受托管理协议中载明的发行人与债券受托管理人之间的争议解决方式不同。例如债券募集说明书中载明的争议解决方式为仲裁，而债券受托管理协议中载明为诉讼并约定管辖法院，则此时究竟适用募集说明书中的争议解决方式还是适用债券受托管理协议之中的争议解决方式产生争议。
笔者认为，适用何者应视债券受托管理协议的具体内容以及债券受托管理人的权利主张是否是基于债券受托管理协议而定。在一些债券受托管理协议中明确约定了债券发行人的违约事件，当触发约定的违约事件时，债券受托管理人可以向债券发行人主张权利。此时，债券受托管理人的权利主张应依照债券受托管理协议；而当债券受托管理协议中未明确约定债券受托管理人可提起诉讼的违约事件，则此时债券受托管理人起诉时应受募集说明书中纠纷解决方式的约束。
在债券发行中，有些债券存在增信措施，或物保或人保，而此时募集说明书中的争议解决方式又可能与担保合同中的纠纷解决方式不同。此一问实际上不是债券纠纷所独有，本质上是主合同与担保合同纠纷解决方式的冲突。
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