一、法律效力不同。商品房预售合同备案登记制度是一种行政管理制度。商品房预售合同经过登记备案仅表明该买卖行为已纳入行政监管，在过户登记前商品房预售合同仍然没有物权效力，出卖人仍然是标的物法律意义上的所有权人。而预告登记则是不动产登记制度。预告登记后，未经预告登记的权利人同意，处分该不动产的，不发生物权效力。

二、登记程序不同。商品房预售合同的登记备案是政府主管部门行使监管职权，房地产经营企业满足预售条件、履行报备义务、接受资格审查的一项行政管理行为。而预告登记则是双方达成合意才能申请，也可以不申请预告登记，取决于双方当事人的意愿。

三、适用范围不同。备案登记其登记的标的仅限于商品房预售合同，商品房的现房买卖、二手房买卖、旧房买卖合同都被排除在备案登记的范围之外。预告登记则适用于所有不动产交易。

四、启动主体不同。备案登记的启动主体是房地产开发商，而预告登记的启动主体则是签订了买卖合同的当事人。

五、登记机关不同。备案登记的登记机关为建设主管部门或房地产管理部门(土地管理部门)，而预告登记的登记机关则是房屋的登记机构。