1、夫妻因感情不和分居满二年，则可以确定夫妻感情破裂，在诉讼中，如果调解不成，应当判决准予离婚。但是非因感情不和而分居的，不能适用该项规定。分居两年诉讼离婚的条件在于是否感情不和导致的分居，非感情不和的分居，法院一般不会准予离婚。
2、因此，分居两年自动离婚是不合法的。正确的解除婚姻关系只有两种途径：到婚姻登记管理机关办理离婚手续，或到人民法院通过判决或调解解除婚姻关系。否则就算分居多年，在法律上也还是婚姻关系。
3、另外，两年的分居必须是连续的夫妻分居两年，是从夫妻实际分居的第二天算起。这种分居必须是连续的，分居时间必须连续计算，而不是累计两年;如果是在分居后同居，则应在同居和分居后的第二天重新计算。分居实际上并不容易证明，特别是在证明连续性方面。当事人提出离婚诉讼，必须证明分居的真实性。提供合法、充分的证据，如另一方的租赁合同、购买合同或与他人同居的证据或证人等。

法律依据：

《民法典》第一千零八十四条
父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除。离婚后，子女无论由父或者母直接抚养，仍是父母双方的子女。
离婚后，父母对于子女仍有抚养、教育、保护的权利和义务。
离婚后，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。

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