在建设工程施工合同纠纷中，常见的非法证据包括但不限于：

“黑合同”：部分发包人与承包人为规避监管、缴税等，选择签订俗称的“黑白合同”。其中，“白合同”即中标合同，是双方根据中标文件签订的备案合同；“黑合同”则是变更中标文件记载的工期、价款、工程质量等实质性内容的施工合同。这些“黑合同”依照法律规定均为无效合同。

挂靠情形：在实际操作中，挂靠等情形易导致难以确定付款主体。例如，当实际施工人仅起诉发包人、转包人、非法分包人、被挂靠人作为第三人参与诉讼时，如果能够提交证明其参与或完成由发包人发包的工程施工或者仅以自身名义与发包人、总承包人订立施工合同但由本案其他当事人实际履行施工合同的事实证据，如转包合同、非法分包合同、挂靠协议、内部承包协议等，可以证明存在转包、非法分包或挂靠事实的相关证据。

“白合同”与“黑合同”并存：在个别建设工程中，因存在明招暗定、轮流坐庄、围标等行为，双方签订了实质性内容不一致的两份或者多份“黑合同”。这些合同依照法律规定均为无效合同。在处理这类纠纷时，如果双方实际履行了签订时间在先的合同，且该合同更符合当事人真实的意思表示，应依据该合同结算工程款。

这些非法证据不仅可能导致合同无效，还会影响工程款的结算和支付，因此在建设工程施工合同的签订和履行过程中，应当严格遵守相关法律法规，确保合同的合法性和有效性。