A公司于2000年11月6日经发起设立。程某(发起人之一，A公司第二大股东)，自2011年5月26日至今任A公司法定代表人。余某于2009年6月至2009年11月期间在A公司的子公司B公司担任总经理，于2009年12月至2010年3月期间担任A公司常务副总经理。

　　《A公司2009年公司章程》(以下简称“《章程》”)第二十三条规定，发起人持有的本公司股份，自公司成立之日起三年内不得转让。第二十九条规定，股东有权优先购买其他股东转让的出资。第三十三条规定，股东大会的职权包括对股东向股东以外的人转让股权作出决议。2009年2月8日，A公司召开股东大会，全票表决通过《公司首次公开发行股票并上市方案的议案》。

　　2009年7月31日，证监会受理A公司的首次公开发行股票(A，B股)申请。

　　2009年8月24日，余某通过银行转账向程某支付450万元。2009年8月25日，甲方程某与乙方余某签订《股权转让协议》，约定：“1、双方同意乙方购买甲方名下持有的北京福星晓程电子科技股份有限公司的股票100万股，以每股4.5元的价格认购股份，乙方以汇款方式出资450万元。2、乙方将购买后的股票挂于甲方名下。3、并在相关法律、法规允许的情况下变现。3.2如乙方转让股权，出让股权后所有收入归乙方所有……”

　　2010年11月12日，A公司在深圳证券交易所创业板上市。此后，经多次资本公积金转增配股，《股权转让协议》约定的100万股已增至目前的500万股。后双方因股权转让发生纠纷，2016年8月29日，余某向法院起诉，请求确认程某持有的A公司股票中的500万股归其所有。

　　北京市海淀区人民法院认为本案的争议焦点为《股权转让协议》是否有效?本案中，《股权转让协议》的效力判断还须理清如下争议：1、《章程》中第二十九条、第三十三条中关于股东享有优先购买其他股东转让的出资的权利及股东大会有职权对股东对外转让股权作出决议的规定的法律效力及其对《股权转让协议》效力的影响。2、《股权转让协议》是否违反信息披露义务及对其法律效力的影响。

　　2017年9月11日，北京市海淀区人民法院经审理后判决：一、确认被告程某持有的第三人北京晓程科技股份有限公司股票(证券代码XXX)中的500万股归原告余某所有;二、第三人北京晓程科技股份有限公司于本判决生效之日起十日内协助办理上述500万股股票的变更登记手续。

　　1、判断《股权转让协议》是否有效，首先，我国《公司法》规定股东持有的股份可以依法转让。《公司法》未对股份有限公司的股份转让从其他股东角度设置约束性条款，表明了立法将股份流通作为股东基本权利保障的立场。其次，非上市股份公司章程对股份转让的约束应限于合理、合法的范围内，涉案的《章程》对股份转让的限制未突破该合理界限。因此，涉案章程规定未剥夺股东通过转让股份而退出公司或减持股份的权利，未对股东权中的人身权与财产权构成实质侵害，未违反公平原则及法律、法规的效力性强制性规定，应属有效。

　　2、《股权转让协议》系余某与程某秘密签署，未事先通知其他股东行使优先购买权，也未经股东大会决议，违背了《章程》的规定，但根据《合同法》第五十二条规定：“有下列情形之一的，合同无效：……(五)违反法律、行政法规的强制性规定。”影响合同效力的规范性文件的法律位阶须是法律与行政法规，且须是效力性强制性规定。因此，公司《章程》并非《股权转让协议》效力判断的法定依据，违反《章程》并不必然导致合同无效。即使确实存在损害其他股东优先购买权的情形，也不会导致《股权转让协议》无效的法律后果。

　　3、2009年7月31日，证监会受理A公司的首次公开发行股票申请。2009年8月25日，程某作为A公司的董事及占股38.32%的第二大股东与余某签订《股权转让协议》，向余某转让100万股股份并在协议中约定保密，该行为一直延续至A公司于2010年11月12日在深圳证券交易所上市。上述转股行为导致A公司向证监会及社会公众披露的股权信息未达“真实、准确、完整”的要求，存在虚假记载，违反信息披露义务，相关责任主体应承担相应的法律责任。但规定信息披露义务的规范并非法律、行政法规的效力性强制性规定，不影响《股权转让协议》的效力。

　　因此，涉案《股权转让协议》合法有效，余某对程某所持500万股股票享有所有权，余某作为上述股票的实际所有人要求确认股票归其所有，并要求A公司协助办理股票变更登记具有相应的事实及法律依据。