缺少“五证” “五证”是消费者取得房产证的先决条件，即具备国有土地使用证、建设用地规划许可证、建设工程规划许可证、建筑工程施工许可证及商品房销预售许可证。包括城中村改造在内的房地产项目，如果没有“五证”是不能办理房产证的。
2、房屋质量无法得到保证
由于小产权房没有国家颁发的产权证，也不需要经过报建批准才可以修剪，因此它不在政府监管的范围之内。缺少了政府的监管，为了节约成本，开发商往往会偷工减料，导致小产权房存在许多安全隐患。再者小产权房一般由土地所在村开发，除了房屋质量和房屋售后保修难以保证以外，入住后的物业管理也极容易出现问题。
3、拆迁难补偿
小产权房实际上属于在政府规定范围以外的违章建筑，如果和国家的规划相冲突，还很有可能被拆除，而且业主也不会得到拆迁安置补偿。
4、容易出现“一房多卖”情形
因为小产权房没有不动产权证而无法完成产权过户，这房产不能过户的情况下，小产权房屋购买人完全可以与其他人再次签订房屋买卖协议，这样就会变成一房多卖的局面，第三人的利益将得不到保证。
5、无法办理贷款
小产权房子由于没有产权证书，在办理很多手续的时候都会受到阻碍，因为小产权房没有房产证，也没有参与备案，因此购买时购房者不能贷款购买，只能一次性或分期付款。
由于小产权房没有产权证，在未来也不能拿房子去银行做抵押。
各地均有文件要求，对于小产权房采取的态度是坚决遏制建设、销售一切和小产权房相关的行为。
1．坚决遏制非法建设小产权房
禁止将规划用途为非住宅的土地建设住宅，禁止在未取得合法用地、规划、建设等行政许可的情况下进行非法建设，禁止改变规划批准用途、规模、平面结构、立面效果等进行非法建设。
任何单位和个人，不得利用自有宅基地、购买他人宅基地、利用本村（社）空闲地或购买村（社）集体土地建设小产权房。目前在建的小产权房，一律停止建设，坚决依法查处。
2．坚决遏制非法销售或以租代售小产权房
禁止将规划用途为非住宅的土地上房屋当作住宅销售或以租代售，禁止中介代理小产权房业务，中介机构不得配合开发主体营销小产权房。任何单位和个人不得买卖小产权房。购买小产权房不受法律保护，一切损失和后果自行承担。