如果医疗纠纷案件涉及死亡的，最好在涉案患者死亡后48小时内进行尸体解剖鉴定，最迟不得超过7日；如果涉及伤残鉴定的，应当在患者治疗终结或者病情稳定后再进行伤残等级、后续医疗等专业鉴定。此外，医患双方还应当注意是选择诉前鉴或者诉中鉴定。诉前鉴定和诉中鉴定由于参与的主体、进行的程序、材料的分析认定均不同，导致鉴定结果有所差异。

在我国现行司法实践中，并行着医学会鉴定和司法鉴定两种鉴定方式，其鉴定主体、适用法律不同，但均可进行医疗纠纷涉及的过错、因果关系、原因力大小、伤残等级、三期鉴定等鉴定。因此医患双方在考虑进行医疗纠纷鉴定时，应当全面了解医学会鉴定和司法鉴定的异同，以便选择适合自己所涉案子的鉴定方式。

如果医患双方都同意进行医学会鉴定，那么就不存在鉴定机构选择的问题，因为医学会鉴定具有地域管辖要求，首次鉴定必须在事发地的市级医学会进行，不需要医患双方针对鉴定机构进行选择。司法鉴定没有地域限制，鉴定机构之间也没有层级之分，所有具有鉴定资质的鉴定机构都是平等的，医患双方都可以进行选择。一般可以通过双方协商、摇号、法院指定等方式确定鉴定机构，医患双方可根据案情以及自身对鉴定机构的要求进行选择。