《保障中小企业款项支付条例》制定目的是为了促进机关、事业单位和大型企业及时支付中小企业款项，维护中小企业合法权益，优化营商环境。对于不按约定付款的，特别规定了万分之五支付逾期利率。但是，在法院判决时，适用此利息标准有条件限制，具体分析如下：
一、中小企业身份认定是适用前提
保障中小企业款项支付条例（2025修订）第十七条：“ 机关、事业单位和大型企业迟延支付中小企业款项的，应当支付逾期利息。双方对逾期利息的利率有约定的，约定利率不得低于合同订立时1年期贷款市场报价利率；未作约定的，按照每日利率万分之五支付逾期利息。”万分之五逾期利率适用于机关、事业单位和大型企业与中小企业之间在采购货物、工程、服务产生的付款迟延情形，需先审查双方主体是否落入条例调整范围，并依据中小企业划分标准认定中小企业身份。
按现行规定，中小企业划分为中型、小型、微型三种类型，具体标准根据企业从业人员、营业收入、资产总额等指标，结合行业特点制定。例如建筑业，营业收入80000万元以下或资产总额80000万元以下的为中小微型企业。其中，营业收入6000万元及以上，且资产总额5000万元及以上的为中型企业；营业收入300万元及以上，且资产总额300万元及以上的为小型企业；营业收入300万元以下或资产总额300万元以下的为微型企业。
二、中小企业在订约时需主动告知身份，未告知通常不适用万分之五
条例第三条第二款要求中小企业在订立合同时应当主动告知其为中小企业，若未履行告知义务，法院通常不适用每日万分之五，而改按LPR或其倍率计息。该条款用“应当”二字对中小企业适用法定利率这一特殊保护情形做出限制，即中小企业应当在签订合同时，主动告知合同相对方自身为中小企业。履行该告知义务，一般建议采取书面方式，包括但不限于体现在合同条款、发送告知函、邮件等可以留痕的方式。若中小企业在订立合同时未履行告知义务，则合同相对方无法预见合同履行逾期应适用《保障中小企业款项支付条例》第十五条规定的逾期利息标准，法院一般不会予以支持。但是，个别裁判认可在条例施行后诉讼过程中披露中小企业身份的情形，逾期利息按万分之五自披露次日起适用，之前期间依LPR计息。
三、合同未约定逾期利率时，万分之五规则可以适用
如果机关、事业单位和大型企业未按约定按时足额支付款项，其行为构成违约，理应承担相应的违约责任。双方对逾期利息未作约定时，适用日万分之五利息损失标准属于无约定情形下的备位规则，条例第十七条规定：逾期利息无约定时，应按每日利率万分之五计算逾期利息，法院可在确认主体与交易类型符合条例后直接支持该标准。
四、有约定时优先适用约定，但不得低于订约时一年期LPR
条例对逾期利率已有约定的尊重优先适用，但约定利率不得低于合同订立时的一年期贷款市场报价利率。此规定是对中小企业的最低利率保护。
五、履行期限或付款条件起算点
当事人应当按照约定全面履行自己的义务。机关、事业单位和大型企业与中小企业约定以货物、工程、服务交付后经检验或者验收合格作为支付中小企业款项条件的，付款期限应当自检验或者验收合格之日起算。机关、事业单位和大型企业迟延支付中小企业款项的，应当支付逾期利息。
当合同约定付款期限不明确，按通知确定起算点。依照《中华人民共和国民法典》第五百一十一条第一款第四项规定：“履行期限不明确的......债权人也可以随时请求履行，但是应当给对方必要的准备时间”。
六、条例不溯及既往
对条例施行前发生的逾期，适用法不溯及既往原则，万分之五利率在条例施行前逾期不适用；但若逾期行为在条例施行后仍持续，施行后期间的逾期利息可适用每日万分之五。
七、 逾期利息性质与总额限制的个案处理
有裁判将逾期利息认定为违约金性质，考虑到合同违约金以补偿性为主、惩罚性为辅的原则，并基于补偿为主原则对总额进行比例限制（如不超过货款总额30%）。
八、工程类案件在未满足条例适用条件时，多数按司法解释或LPR计息
对建设工程纠纷，未约定利率时，法院常按建设工程司法解释，按LPR计付逾期利息。个别判决在《保障中小企业款项支付条例》施行前的拖欠行为按当时规定计算逾期利息；在《保障中小企业款项支付条例》施行后，被告仍拖欠款项的，应该按日万分之五计算逾期利息，分段计算。
总之，万分之五逾期利息的核心适用条件包括：主体为机关、事业单位或大型企业与中小企业之间的采购交易；合同对逾期利率未约定；中小企业在订约时主动告知其身份；逾期发生在条例施行后或持续逾期的施行后阶段。未履行主动告知或合同签订于条例施行前且无持续违约的，通常不适用万分之五，法院多改按LPR或相关司法解释计息。付款期限不明确时，以交付或验收合格后法定或约定期限届满作为起算点；对已付款部分主张逾期利息需有明确付款时间证据支持。整体裁判体现了条例的保护导向与对合同约定、时间效力及告知义务的严格把握。