一、EPC总承包合同的效力与结算依据以合同约定为准
法院普遍认为，通过招标投标程序签订的EPC总承包合同，系双方真实意思表示，内容和形式未违反法律法规的效力性强制规定，应当确认其效力。结算应以合同约定为依据，除非双方对结算方式、计价标准等另有明确变更协议，否则不得随意推翻合同约定进行据实结算。举证责任在于主张变更一方，若无充分证据证明合同已变更，则应按原合同结算。
相关判例：某环保技术股份有限公司诉被告青岛某新材料有限公司建设工程施工合同纠纷一案。法院认为：因双方未对计价方式、计价标准达成新的协议，原告要求推翻双方签订的EPC总承包合同全部据实结算，进行司法鉴定，鉴定所依据的计价方式、计价标准亦不明，本院难以支持。
二、EPC合同价款结算不得突破中标价，除非有重大设计变更且有明确证据支持
若合同明确约定工程造价不得超出中标价格，原则上应以中标价为结算依据。若因设计变更等原因导致造价突破中标价，需有相关审计、产值审核等证据，并经各方认可，法院可据此认定实际结算金额，但是否突破中标价由法院结合案情和法律规定判断。
相关案例：简称惟邦公司因与被上诉人以下简称梵投公司、原审第三人某建设集团有限公司建设工程合同纠纷一案，法院认为：关于惟邦公司应收工程总价款是否可以突破《EPC总包合同》进行调整的问题，本院认为，从《EPC总包合同》专用合同条款15.3.1约定来看，原则上不允许出现正变更，但以下两种情形允许出现正变更，一是因发包人原因提出的变更，二是承包人在施工过程中如因技术原因、不可预见事项或者其他特殊原因确需调整工程项目建设资金，且已按程序经发包人、监理人核查报批。从《EPC总包合同》约定来看，发包人和承包人均可按照一定程序提出变更，但最终是否变更由发包人决定。故案涉工程在符合合同约定的情况下，工程造价可以突破合同约定价格。现已查明，因施工过程中增加建设国际航站楼，导致国内楼的设计方案、施工内容发生变更，工程造价增加，突破了合同价格。目前双方争议的焦点是由谁提出变更、提出变更方是否履行了变更程序以及增加的工程款由谁承担的问题。本院认为，国内航站楼建设过程中已构成发包人提出变更，且未履行变更程序的责任应归责于发包人梵投公司，故变更产生的费用应按变更发生实际工程量按计价原则计价，由梵投公司承担，惟邦公司应收工程总价款可以突破《EPC总包合同》约定。
三、工程价款结算应以备案的中标合同为准，补充协议需明确变更内容
对于含有国有资金投入的工程，即使签订的是EPC合同，若当事人另行签订与备案中标合同实质性内容不一致的合同，应以备案的中标合同作为结算依据。若主张变更结算方式，需有明确的补充协议，否则推定为未变更。
相关判例：某环保技术股份有限公司诉被告青岛某材料有限公司（以下简称斯迪尔公司）建设工程施工合同纠纷一案，法院认为：双方签订的EPC总包合同系通过招标投标程序订立，视为双方自愿接受招标投标法的约束，且涉案工程有国有资金投入。《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释 》第二十一条规定“当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据”。参照该规定，即使原告主张的被告与其已就涉案工程不按双方通过招投标程序签订的EPC总承包合同结算而是全部重新据实结算的合意的事实成立，其要求推翻EPC总承包合同约定的结算方式重新据实结算，本院也难以支持。
四、结算金额可参考第三方审计或鉴定意见，但以合同约定为前提
若EPC合同约定以财政审计或第三方审计结果为准，且发包人未积极推动审计，法院可委托第三方鉴定并以鉴定意见认定工程价款。审计或鉴定意见可作为定案依据，但最终结算仍应以合同约定为基础。
相关案例：某某分公司、某某公司因与被上诉人某某有限公司建设工程施工合同纠纷一案。法院认为：案涉施工合同工程名称中记载有“EPC总承包”字样及约定暂定金额为341万元内容，但合同还约定“最终以某某市财政局审计结果为准”，基于双方对施工合同工程价款的计算方法出现了不确定性，某某分公司、某某公司提出应以341万元确定工程价款，本院不予支持。
五、EPC合同下分包、变更等结算，须有明确的签证、协议或合同依据
对于工程量变更、追加等事项，需有双方签字确认的签证单或补充协议作为结算依据，无签证或补充协议的，主张变更结算难以获得支持。
相关案例：某某建设集团有限责任公司与中国某电力建设第三工程有限公司建设工程施工合同纠纷案。法院认为：EPC总承包是工程总承包模式的一种，总承包单位并非可以代替发包人或工程建设单位的概念。某某建设集团有限责任公司与中国某电力建设第三工程有限公司对该部分工程量未形成签证及结算依据不符合双方履行合同的惯例，更不符合合同的约定，且总承包单位某设计院与中国某电力建设第三工程有限公司结算的文件中亦未包括该部分工程量及对应价款，某某建设集团有限责任公司的上诉主张不能成立。
六、结算争议时，法院会结合实际履行情况、支付凭证、往来函件等综合认定
若存在多份合同或实际履行与合同约定不一致，法院会结合工程价款支付情况、签证单据、结算协议、往来函件等实际履行因素，认定实际结算合同及金额。
相关案例：某建筑公司诉某置业公司、某地产公司建设工程施工合同纠纷案。法院认为：发包人、承包人就同一工程签订数份施工合同，在确定当事人实际履行的合同时，应当将工程价款支付情况、签证单据、往来函件、结算协议等实际履行因素，与约定的相应实质性内容比对，并考量当事人在诉讼中关于实际履行施工合同的不同主张等情况，以此作为结算工程价款的合同依据。
综上所述，EPC工程总承包的结算原则以合同约定为核心，通常以中标合同或备案合同为结算依据。除非双方对结算方式、计价标准等有明确变更协议，否则不得随意据实结算。工程价款结算可参考第三方审计或鉴定意见，但前提是合同有相关约定，且审计、鉴定结果需各方认可。对于工程量变更、追加等事项，必须有明确的签证或补充协议作为结算依据。若实际履行与合同不符，法院将结合实际履行情况、支付凭证等综合认定结算金额。整体上，EPC工程总承包结算强调合同的严肃性和履约的规范性，变更和突破合同约定需有充分证据和明确协议支持。