政府投资或以国有资金投资为主的项目，如果在合同中约定竣工结算以政府财政评审结果或政府审计结果为准的，应经过相关政府部门审核。
财政部《基本建设财务管理规定》（建[2002]394号）第四条：“各级财政部门是主管基本建设财务的职能部门，对基本建设的财务活动实施财政财务管理和监督。”建设部、财政部《建设工程价款结算暂行办法》第十四条：“国有资金投资项目如果在合同中约定以政府审计结果为准的，应经过相关政府财政投资评审部门审核。”《财政投资评审管理规定》（财建〔2009〕648号）第二条：“财政投资评审是财政职能的重要组成部分，财政部门通过对财政性资金投资项目预（概）算和竣工决（结）算进行评价与审查，对财政性资金投资项目资金使用情况，以及其他财政专项资金使用情况进行专项核查及追踪问效，是财政资金规范、安全、有效运行的基本保证。”第九条：“项目建设单位在财政投资评审工作中履行以下义务：（三） 对财政投资评审机构出具的建设项目投资评审意见……”
《财政投资项目评审操作规程》(试行)第十八条：“项目竣工决算应由项目建设单位编制，项目建设单位委托其他单位编制的项目竣工决算，由项目建设单位确认后报送评审机构进行评审。”
《审计署关于印发政府投资项目审计规定的通知》（审投发〔2010〕173号）第九条：“审计机关对列入年度审计计划的竣工决算审计项目，一般应当在审计通知书确定的审计实施日起3个月内出具审计报告。确需延长审计期限时，应当报经审计计划下达机关批准。”
全国人民代表大会常务委员会法制工作委员会法规备案审查室《关于对地方性法规中以审计结果作为政府投资建设项目竣工结算依据有关规定提出的审查建议的复函》（法工备函〔2017〕22号）：“在充分调研和征求意见的基础上，我们研究认为，地方性法规中直接以审计结果作为竣工结算依据和应当在招标文件中载明或者在合同中约定以审计结果作为竣工结算依据的规定，限制了民事权利，超越了地方立法权限，应当予以纠正。”《最高人民法院关于人民法院在审理建设工程施工合同纠纷案件中如何认定财政评审中心出具的审核结论问题的答复》（(2008)民一他字第4号）：“财政部门对财政投资的评定审核是国家对建设单位基本建设资金的监督管理，不影响建设单位与承建单位的合同效力及履行。但是，建设合同中明确约定以财政投资的审核结论作为结算依据的，审核结论应当作为结算的依据。”
发、承包双方结算时，如果招标文件或承包合同中载明“结算以政府审计结果为准”等类似约定，该约定对双方有效；但是合同中没有类似约定的，不能仅以地方性法规规定为由，要求竣工结算以审计结果为准。