单位犯非法经营罪的，对于直接负责的主管人员和其他直接责任人员除依法判处自由刑外，还应并处违法所得一倍以上五倍以下的罚金。在确定罚金数额时，可分以下几种情况判处：

一是能够查清个人违法所得数额的，判处个人违法所得一至五倍的罚金（不能少于一千元）；

二是单位非法经营亏损，个人确实没有违法所得的，根据个人的犯罪情节及缴纳能力，依照最高法院《关于适用财产刑若干问题的规定》，酌情判处不少于一千元的罚金；

三是违法所得名义上归单位占有，实际被个人以各种名目任意挥霍，或者有迹象表明个人从中获利的，可以考虑以名义上归单位的违法所得为基数判处罚金。总之，应当兼顾两个方面：一是对于严重破坏市场经济秩序的犯罪，一定要依法判处财产刑，决不能让犯罪分子在经济上占到便宜。二是在经济上制裁犯罪时，也应当注意体现刑法的公正性，不能把本应由单位承担的刑罚，转嫁或者同时判给个人承担。