股权确认纠纷，也就是股东资格确认纠纷，是指股东与股东之间、或者股东与公司之间就股东资格是否存在，或者具体的股权持有数额、比例等发生争议而引起的纠纷。

在司法实践中，因股东资格而产生的股权确认之诉是较为常见的一种纠纷和诉讼。股东资格的认定问题主要存在于有限责任公司，而股份有限公司股东资格以是否持有公司所发行的股票为认定标准，一般不存在疑义。

股东资格确认纠纷如果再细化分类，大致可以分为股东与公司之间的股东资格确认纠纷、股东与股东之间因出资产生的股东资格确认纠纷以及股东与股东之间因股权转让产生的股东资格确认纠纷这三种类型。

股东资格的确定，对当事人是否为公司股东，是否应当享有股东权利并承担股东责任具有关键性的意义。那么，如何处理股权确认纠纷呢？

在司法实践中，应当按照纠纷所涉双方关系不同，分三种情况进行讨论：

当纠纷涉及股东与第三人的外部关系时，应贯彻外观主义原则，保护外部善意第三人因合理信赖公司章程的签署、公司登记机关的登记、公司股东名册的记载而作出的行为效力，应要求工商登记的股东按登记的内容对外承担责任；

当纠纷涉及公司与股东间的关系时，在确认股权时应以股东名册记载为准，对于实质上的权利人，虽然没有被记载在股东名册之中，但其已经在公司实际享有股东权利，或者其他股东对其身份予以认可的，其股东身份也应当予以确认；

当纠纷涉及股东间的内部关系时，可以审查公司章程、股东名册、出资证明书、验资证明、工商股东登记、实际履行股东出资义务或者实际享有股东权利等相关事实来作为确认股权的依据。