一、两者的法律依据不同
免予刑事处罚所依据的是《刑法》的规定，而无罪判决所依据的是《刑事诉讼法》的规定。一个是实体法，一个为程序法。
二、两者的适用条件不同
从《刑法》第三十七条我们可以知道，免予刑事处罚要符合两个条件：一是犯罪情节轻微，二是不需要判处刑罚。只有当两个条件同时符合时，才能适用免予刑事处罚。
三、两者的法律后果不同
“免予刑事处罚”是人民法院认定某种行为构成犯罪，但因犯罪情节轻微，而判决免予刑罚的一种处罚。是人民法院以被告人构成犯罪为前提，以“犯罪情节轻微不需要判处刑罚”为概括性条件的随法选择。法律规定应当免除刑罚的，必须判决免除刑罚.
简言之，免于刑事处罚，是有罪而免罚，仍然构成刑事犯罪。通俗地说就是有犯罪前科。
而无罪判决的法律后果是：当嫌疑人被羁押的，应当立即释放。无罪，当然就无需承担刑事责任，不受刑事处罚。
