加班工资是否应当计入经济补偿金基数，企业（尤其生产型企业）及员工大都困惑，确实《劳动合同法》及《劳动合同法实施条例》未有明确规定，各地政府口径不一。

依据《关于贯彻<中华人民共和国劳动法>若干问题的意见》（劳部发[1995]309号）

第53条规定 劳动法中的“工资”是指用人单位依据国家有关规定或劳动合同的约定，以货币形式直接支付给本单位劳动者的劳动报酬，一般包括计时工资、计件工资、奖金、津贴和补贴、延长工作时间的工资报酬以及特殊情况下支付的工资等。

从字面推论，“延长工作时间的工资报酬”计入“工资”项下，那么经济补偿金所指的前十二个平均工资，也应该计算加班工资。

但是上海市高级人民法院在2013年第1期《民事法律适用问答》中对于计算经济补偿金基数时是否应当将加班工资包括在内有了明确规定。

上海市高院认为：“第一、经济补偿从性质上看系用人单位与劳动者解除或终止劳动关系后，为弥补劳动者损失或基于用人单位所承担的社会责任而给予劳动者的补偿，故经济补偿金应以劳动者的正常工作时间工资为计算基数。第二，加班工资系劳动者提供额外劳动所获得的报酬，不属于正常工作时间内的劳动报酬。第三，从原劳动部《关于贯彻<中华人民共和国劳动法>若干问题的意见》第55条和《劳动合同法实施条例》第27条规定来看，也应认为经济补偿金不包含加班费。综上，我们认为在计算经济补偿金计算基数时不应将加班工资包括在内。”

因此，根据上述上海市高院的规定，用人单位在计算员工劳动合同解除、终止的经济补偿金时不应将加班工资计算在内。当然，这是法律规定的底线，若用人单位自愿计算，也是允可的。