根据《最高人民法院关于审理建设施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二条和第三条规定，建设工程施工合同无效，但建设工程经竣工验收合格，承包人可请求参照合同约定支付工程价款；若建设工程经竣工验收不合格，承包人不可以请求参照合同约定支付工程价款。

但是在实践中，却要分别不同的情形进行处理：

1、建设工程施工合同订立后尚未履行前被确认无效的处理

建设工程施工合同在尚未履行前被确认无效的，双方当事人均不能再继续履行。此时，无效建设工程施工合同便按照缔约过失来处理，即由有过错的一方赔偿另一方因合同无效而造成的损失，双方均有过错的，依照过错大小承担相应的责任，已获得财产的一方应当返还给另一方。

2、建设工程施工合同所约定的工程已经开工，但尚未完工时被确认无效的处理

首先，应当立即停止履行。  其次，若已完成部分工程质量经验收合格，发包人应参照合同约定对已完工程价款进行结算；若已完成部分工程质量经验收不合格且无法修复，则应该拆除已完工程，施工方应该向建设方返还已支付的工程款。最后，有过错的一方应当赔偿对方在准备签订、履行合同支出的费用和签订以及履行合同过程中支出的费用，包括直接费用和间接费用；双方都有过错的，按过错大小各自承担相应赔偿责任。

3、建设工程施工合同已经履行完毕后被确认无效的处理

首先，建设工程经竣工验收合格的，建设方应该参照合同约定支付施工方工程价款；其次，建设工程竣工验收不合格但修复后验收合格的，建设方应该参照合同约定支付施工方工程价款；最后，建设工程竣工验收不合格且修复后验收不合格的，建设方不支付施工方工程款，对此损失由施工方自行承担。同时按照双方的过错及过错大小分担包括签订、履行合同和合同被确认无效后的后续费用，如拆除质量不合格的建筑物的费用、工程延期费用、材料费等。