自首和坦白只能始于侦查阶段，而认罪认罚可贯穿于整个诉讼阶段。自首只能是犯罪嫌疑人在侦查机关未抓获其之前主动投案；坦白是犯罪嫌疑人被公安机关抓获到案后及时如实供述，原则上应当是到案后立即供述。但是认罪认罚既可以在侦查阶段，也可以在审查起诉阶段或审判阶段，只是从宽幅度不同而已。
不可否认，认罪认罚与坦白、自首具有一定的联系，主要表现为以下方面：
（1）认罪认罚与自首、坦白一样，都是法定从宽情节。既然刑事诉讼法已经明确规定认罪认罚可以从宽，那么其就是法定的从宽情节，至于这个法律是程序法还是实体法，在所不问。
那种认为认罪认罚只是酌定情节，或者法定从宽情节只能由刑法来规定的观点是错误的，是狭隘的。刑事实体法与程序法原本就是一体的，具体案件的办理、定罪量刑从来都是实体法与程序法并用的，认罪认罚从宽是典型的实体与程序交叉问题，更是如此。
（2）认罪认罚与自首、坦白具有一定的重合性。认罪认罚中的“认罪”应当理解为如实供述自己的犯罪事实即可，对行为性质的辩解、对罪名适用的异议，不影响认罪的认定。
《关于适用认罪认罚从宽制度的指导意见》（下称《指导意见》）对此进行了阐述。认罪认罚中的“认罪”与自首、坦白中的“如实供述自己的罪行”具有相同的含义，换言之，认罪认罚与自首、坦白在“如实供述自己的罪行”的范围内具有交叉、重合。
《指导意见》规定，“认罪认罚的从宽幅度一般应当大于仅有坦白，或者虽认罪但不认罚的从宽幅度。对犯罪嫌疑人、被告人具有自首、坦白情节，同时认罪认罚的，应当在法定刑幅度内给予相对更大的从宽幅度。认罪认罚与自首、坦白不作重复评价。”
首先，需要明确禁止重复评价的内涵。禁止重复评价来源于“一事不两罚”“禁止双重危险”，其基本内涵“任何人不因同一犯罪再度受罚”。其本质含义在于禁止对被告人不利的重复处罚。
德国刑法第46条规定的刑罚裁量原则，其中第三项就是“属于构成犯罪之要件，不得再作为个案量刑时考虑的要素”。
因此，禁止重复评价的准确含义是禁止不利于被告人的重复评价，禁止定罪事实再次评价为量刑事实进而导致罪刑不均衡，其背后的基本法理是实质的罪刑法定，即处罚的适正性，禁止不当的处罚。
事实上，法律并不禁止对被告人有利的重复评价，例如超法规的阻却违法性事由，是有利于被告人的，但是未必要有刑法的规定。因此，把认罪认罚作为独立量刑情节，有利于被告人，并不违反禁止重复评价原则。
那么，如何理解《指导意见》的“不作重复评价”之规定呢？正确的理解应该是“认罪认罚同时具有自首、坦白情节的，已经给予更大幅度从宽处罚的，不再重复评价”。
换言之，自首、坦白的犯罪嫌疑人、被告人，同时认罪认罚的，在量刑时既要按照自首、坦白的规定给予从宽，也要按照认罪认罚的规定给予从宽，从而体现出“更大的从宽幅度”。
这里的“不作重复评价”应当理解为，不得在考量自首、坦白从宽的同时已经给予认罪认罚更大幅度从宽后，再一次重复给予从宽；而不能理解为具有自首、坦白的犯罪嫌疑人、被告人即使认罪认罚，也只能按照自首、坦白给予从宽处罚而不再适用认罪认罚的从宽规定。
当然，自首（或坦白）与认罪认罚后从宽处罚的适用，有时也需要综合全案情况进行调节，这种调节是基于罪刑相适应基本原则的要求，任何量刑情节、量刑规则都要受罪刑相适应基本原则的制约，而并非是对认罪认罚作为独立从宽情节的否定。